С первых дней войны началась перегруппировка научных сил для эффективного решения возникших проблем. Нормальное функционирование Академии наук БССР было нарушено. Директивные органы сделали все возможное, чтобы сохранить кадры белорусских ученых, привлечь их к творческой работе. По решению совета по эвакуации при СНК СССР от 7 июля 1941 г. академики и другие высококвалифицированные специалисты АН БССР были направлены в Ташкент для работы в местных научно-исследовательских и высших учебных заведениях. Однако по ряду обстоятельств большинство научных работников оказались более чем в 30 населенных пунктах Советского Союза. Тем не менее тематика их исследований и планы работ были подчинены общим задачам — помощи фронту и укреплению тыла. Значительная группа ученых находилась в центре промышленных районов Урала, Поволжья, Средней Азии, Казахстана, Западной Сибири, где создали благоприятные условия для комплексного решения оборонных проблем. Здесь были сосредоточены важнейшие отрасли советской науки — минералогия, медицина, история, техника, экономика, право. Бок о бок работали крупнейшие ученые, известные всему миру.
Только в январе 1942 г. в Ташкенте состоялось первое после эвакуации из Минска заседание Президиума АН БССР. Дальнейшим шагом по консолидации научной интеллигенции явилась академическая сессия в Казани, прошедшая 12—13 марта 1942 г. Принятый на ней план работы стал существенным шагом в перестройке работы академии. В военные годы ее президентом являлся академик К.В. Горев, вице-президентами — академики Я. Колас (К. Мицкевич), В.А. Леонов, С.М. Липатов, членами Президиума — академики А.Я. Прокопчук, А.Р. Жебрак, О.К. Кедров-Зихман, В.Н. Лубяко, Н.С. Акулов, ученым секретарем — член-корреспондент В.И. Шемпель. Общая численность работавших составляла чуть более 100 человек. Даже в самые трудные периоды войны правительство страны проявляло заботу об условиях жизни и труда работников науки, повышении их материального положения. Для них в сентябре 1942 г. были установлены повышенные оклады.
Вторая в условиях военного времени сессия АН БССР состоялась в ноябре 1942 г. в Ташкенте. На ней было заслушано 25 докладов и сообщений. Вице-президент Я. Колас выступил с докладом «Вековая дружба белорусского и русского народов и их совместная борьба против немецкой агрессии». О результатах научно-исследовательской работы проинформировали академики Е.К. Алексеев, Ю.А. Вейс, Т.Н. Годнев, А.Р. Жебрак, В.А. Леонов, В.С. Немчинов, В.Н. Перцев, А.Я. Прокопчук, члены-корреспонденты Д.М. Голуб, В.В. Попов, В.Е. Раковский и др. На сессии был утвержден план научно-исследовательских работ Академии наук на 1943 г.
В эвакуации белорусские ученые не только успешно справлялись с восстановлением академической материальной базы, но и сумели быстро наладить разорванные при отступлении связи, разрешить сложные вопросы снабжения материалами для исследований и заняться актуальными научно-техническими проблемами. Их решение базировалась, как правило, на развивавшихся до войны фундаментальных изысканиях. Работу ученых в военные годы отличали динамичность, мобильность, комплексный подход к решению поставленных задач, высокие темпы. Трудиться приходилось по 10 и более часов.
Член-корреспондент Б.В. Ерофеев разработал и организовал производство прозрачной брони из органического стекла для авиационной промышленности (Государственная премия СССР 1946 г.). Академик С.М. Липатов исследовал способы повышения технологических свойств каучука, добываемого из кок-сагыза, служившего в то время основным источником получения этого важного для военной промышленности сырья. Член-корреспондент Н.Ф. Ермоленко активно участвовал в решении проблемы обессеривания среднеазиатских нефтей и деэмульгации бугурусланской нефти. Все результаты были переданы для освоения в производство.
Академик Н.С. Акулов сконструировал надежный аппарат для определения содержания металлов в рудах, который был передан в серийное производство, работал над совершенствованием приборов неразрушающего контроля промышленной продукции, которые широко применялись в оборонной промышленности. Академик Т.Н. Годнев внес вклад в создание методов сохранения витаминов в продуктах, подлежащих длительному хранению, академик Е.К. Алексеев участвовал в разработке приемов сева и выращивания сахарной свеклы в Узбекистане, где эта культура внедрялась впервые, академик О.К. Кедров-Зихман предложил новые методы применения удобрений. Ученые Института торфа разрабатывали технологические приемы для процесса комплексной переработки торфа с получением кокса и моторного топлива. Ученые-медики создавали новые медицинские препараты и методы лечения.
Уже в 1944 г. после освобождения Беларуси в АН БССР возобновили деятельность институты — истории; языка, литературы и искусства; экономики; социалистического сельского хозяйства; геологии; теоретической и клинической медицины; торфа; химии; физико-техническая лаборатория; водохозяйственный сектор; Ботанический сад и др., где проводились исследования главным образом по довоенной тематике. 31 октября 1944 г. СНК БССР и ЦК КП(б)Б приняли постановление «О мероприятиях по возобновлению работы Академии наук БССР». Согласно этому постановлению необходимо было полностью восстановить довоенную сеть научно-исследовательских учреждений академии. В план первоочередного строительства на 1945 г. было включено восстановление главного корпуса АН БССР, издательства и типографии. Уже к началу 1950-х гг. научный потенциал Беларуси был практически восстановлен; значительную помощь в этом оказали АН СССР и академии наук союзных республик.
После освобождения от немецко-фашистских захватчиков Академия наук нашей страны находилась в тяжелейших условиях. Главный корпус и лабораторные здания были разрушены и сожжены гитлеровцами, а имущество разграблено или уничтожено. Архивные документы отражают сложности в обеспечении научными кадрами, расширении их связей с государственными и хозяйственными органами, участие в разработке народнохозяйственных планов. Первоначальной задачей являлось обеспечение научно-лабораторным оборудованием и материалами. АН СССР и другие научные центры помогали Беларуси решить этот непростой вопрос.